Çempionlar Liqasında təsnifat mərhələsini adlayan ilk Azərbaycan klubu olan "Şəmkir" Latviyanın ən titullu klubu olan Skontonu Bakıda 4-1 hesabı ilə məğlubiyyətə uğratmışdı.
2001/2002 mövsümü yarımçıq dayandırılan zaman Şəmkir FK 1-ci pillədə idi və 3-cü çempionluğuna çox yaxınlaşmışdı.
Barri Toun ilə səfər matçı.
İsmayıl Məmmədov 2003-2004 mövsümü çempionu Neftçini məğlub edən yeganə komanda məhz Şəmkir FK olmuşdu (3-1). Həmin il Bakıda keçirilən cavab görüşü isə 2-2 hesablı heç-heçə ilə bitmişdi.
2004-cü ildə keçirilən Azərbaycan kuboku finalında əlavə vaxtda ilk qolu məhz Şəmkir klubu vursa da - hakim İmamxan Sultani qolu qeydə almamışdı. Bütün mətbuat orqanlarında qolun haqsız yerə sayılmaması qeyd olundu. Bu final matçından sonra klubun əksər aparıcı futbolçuları komandadan ayrıldılar.
2004/2005 mövsümünü 11-ci yerdə (18 klub arasında) bitirməsinə baxmayaraq mövsümlərarası fasilədə maliyyə çatışmazlığı ucbatından fəaliyyətini dayandırmışdı.
2009-cu ilin sonlarında Pekin Olimpiadasının bürünc mükafatçısı Mövlud Mirəliyevin təşəbbüsü ilə 4 illik fasilədən sonra yenidən bərpa olunmuş və komandanın baş məşqçisi postuna vaxtilə bu klubun şərəfini qorumuş sabiq müdafiəçi Faiq Cabbarov təyin olunmuşdur.
2010/2011 mövsümünün gedişində Anar Kələntərov baş məşqçi təyin olundu və klub I divizionda mövsümün sonunda 9-cu pillədə qərarlaşdı.
Uğurları
Azərbaycan çempionatı:
Qızıl medal (2) - 1999/2000, 2000/2001
Gümüş medal (2) - 1998/1999, 2003/2004
Bürünc medal (1) - 1997/1998
Azərbaycan Kuboku:
Finalçı (2) - 1998/1999, 2003/2004
Avropa kuboklarında iştirakı:
4 dəfə Avropa kuboklarında iştirak etmişdir. Azərbaycanı 2 dəfə UEFA Kubokunda və 2 dəfə də UEFA Çempionlar Liqasında təmsil etmişdir.
Beynəlxalq Futbol Tarixi və Statistikaları Federasiyasının reytinq cədvəlində
2010-cu il noyabrın 26-da açıqlanan klublarının XXI əsr üçün reytinqində ilk onilliyi 92,5 xal ilə Azərbaycan klubları arasında 10-cu, dünyada isə 790-cı pillədə başa vurmuşdur.